把保函與跟單信用證相比，當事人的權利和義務基本相同，所不同的是跟單信用證要求受益人提交的單據是包括運輸單據在內的商業單據，而保函要求的單據實際上是受益人出具的關于委托人違約的聲明或證明。這一區別，使兩者適用范圍有了很大的不同，保函可適用于各種經濟交易中，為契約的一方向另一方提供擔保。另外，如果委托人沒有違約，保函的擔保人就不必為承擔賠償責任而付款。而信用證的開證行則必須先行付款。
擔保銀行和受益人之間的法律關系是基于保函而產生的保證關系。保函是一種單務合同，受益人可以以此享有要求銀行償付債務的權利。在大多數情況下，保函一經開立，銀行就要直接承擔保證責任。
依保函的性質不同，可分為從屬性保函和見索即付保函。見索即付保函是指對由銀行出具的，書面形式表示在受益人交來符合保函條款的索賠書或保函中規定的其它條件時，承擔無條件的付款責任。
見索即付保函具有無條件性。受益人只要提交了與保函中的約定相符合的索賠文件，擔保人即應付款。擔保人并不審查基礎合同的履行情況，擔保人的付款義務的成立也不以委托人在基礎合同履行中違約為前提。而通常使用的保證合同保證人，其承擔保證責任是以基礎合同中主債務人違約為前提，保證人可以行使主債務人的抗辯權，即使主債務人本人放棄抗辯權，保證人亦可以行使抗辯權而不受影響。
銀行僅負有對保函規定的單證在表面上進行謹慎審查的義務。根據國際商會1992年公布的《見索即付保函統一規則》和聯合國1995年簽訂的《聯合國獨立性保函與備用信用證公約》規定，保證人雖不對受益人所提交的單證的正確性承擔責任，但保證人首先應盡合理的謹慎，對單證在表面上是否適當進行審查，如單證是否齊全，只要所提交的單證經合理謹慎、審查符合保函規定的表面要求，保證人就應付款，即便單證的內容是虛假的，形式是偽造的。
