醫院以病人為中心，全心全意為兒童服務，大力弘揚“公慈勤和”院訓精神，涌現出全國道德模范、全國共產黨員賈立群同志等杰出代表。醫院堅持公益，始終“關注兒童、關注健康”，成立“北京兒童健康基金會”，扶助困難家庭患兒就醫;組織醫療骨干參加援疆援藏任務、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠地區和基層單位的兒童送醫、送藥、送健康;開展免費救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的溫暖。
北京兒童醫院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標兵”“首都文明服務示范窗口”“專科醫院”“雙十佳人民滿意醫院”“北京三甲醫院”榮譽稱號及“首都勞動獎狀”“全國五一勞動獎狀”。
耳鼻咽喉頭頸外科學科帶頭人倪鑫，國家兒童醫學中心主任，首都醫科大學附屬北京兒童醫院院長，主任醫師，教授，博士生導師。
耳鼻咽喉頭頸外科教授團隊:倪鑫、鄭軍、葛文彤、張杰、劉海紅、許志飛、郭永麗、王生才等。
首都醫科大學附屬北京兒童醫院耳鼻咽喉頭頸外科于1975年建科，2023年4月獲批國家重點臨床專科，成立至今已經有近50年歷史。科室面向全國兒童患者，以診治耳鼻咽喉及頭頸部常見病和疑難危重疾病為主，是中華醫學會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學組組長單位和中國醫師協會耳鼻咽喉頭頸外科分會小兒學組組長單位。現下設四個臨床專業和三大臨床診療中心，即耳科專業、鼻科專業、咽喉專業和頭頸專業以及兒童睡眠中心、兒童聽力診療中心和人工耳蝸中心。依托國家兒童醫學中心發展平臺，聯合首都醫科大學兒童上氣道阻塞性疾病臨床診療與研究中心、兒童耳鼻咽喉頭頸外科疾病北京市重點實驗室兩大科研支撐平臺，進行臨床-科研-教學三位一體的學科建設，目前已基本建成國內、國際先進的兒童耳鼻咽喉頭頸疾病綜合性基礎和臨床研究平臺。
科室現擁有醫療床位34張，睡眠中心床位12張，年門診量約20萬人次，年手術量3500余例。科室共有醫師46人、研究員2人、副研究員1人及技術人員18人。醫師中主任醫師18人，副主任醫師12人，主治醫師9人，住院醫師7人。科室現有教授5人，副教授2人，講師9人;博士研究生導師6人，碩士研究生導師1人。
科室擁有多種國內外的耳鼻咽喉頭頸外科醫療設備，如達芬奇機器人操作系統，美敦力顱神經電生理監測系統，美敦力ENT電磁導航系統，超聲刀系統，蔡司顯微鏡，STORZ超高清鼻內鏡系統等，可充分滿足對兒童耳鼻咽喉頭頸外科所有病種的臨床診療需求。
開展的特色診療項目包括特發性眼球震顫等復雜斜視的手術及發病機制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術，兒童眼球震顫及白內障術后個性化視覺功能重建，早產兒視網膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術、微創淚道重建術、鼻內窺鏡鼻腔淚囊吻合術等復雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進行額肌懸吊術兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創手術，視網膜母細胞瘤的個性化綜合， 360°微導管引導下小梁切開術先天性青光眼等。
