相比傳統的紙質保函，電子保函無需抵押、無需反擔保、無需凍結資金，辦理簡單便捷、方便查驗真偽、全程電子留痕，還可以在交易監管方面發揮出重要作用。在工程保證和涉及政府采購領域的投標保證、履約保證等領域，紙質保函和保證金作為兩種擔保方式，一直是市場上通行的做法。
保證金制度一直備受業界詬病，企業因交納投標、履約等保證金，導致大量資金被占用，且周期很長、負擔很重，嚴重阻礙了企業，特別是中小微企業的發展，而且保證金被挪用等違規違法案例也屢屢發生。
與保證金制度相比，紙質保函的使用，降低了公共資源交易平臺的管理成本，對緩解投標企業資金壓力起到了一定的作用。但紙質保函仍存在很多漏洞，由于紙質保函仍屬于實物保證憑證，沒有任何加密手段，在實際中存在無法驗明真偽的情況，很容易造假。同時，也不便于平臺方進行管理追蹤，招標人索賠的效率不高。
