（一）保函有從屬性保函和獨立性保函之分，備用信用證無此區分
保函作為人的擔保的一種，它與它所憑以開立的基礎合同之間的關系是從屬性亦或是獨立的關系呢？據此，保函在性質上有從屬性保函和獨立性保函之分。傳統的保函是從屬性的，保函是基礎合同的一個附屬性契約，其法律效力隨基礎合同的存在、變化、滅失、擔保人的責任是屬于第二性的付款責任，只有當保函的申請人違約，并且不承擔違約責任時，保證人才承擔違約責任時，保證人才承擔保函項下的賠償責任。而申請人是否違約，是要根據基礎合同的規定以及實際履行情況來作出判斷的，但這種判斷顯然不是件簡單的事，經常要經過仲裁或訴訟才能解決其中的是非曲直。所以當從屬性保函項下發生索賠時，擔保人要根據基礎合同的條款以及實際履行情況來確定是否予以支付。各國國內交易使用的保函基本上是從屬性質的保函。
獨立性保函則不同，它雖是依據基礎合同開立，但一經開立，便具有獨立的效力，是自足文件，擔保人對受舉益人的索賠要求是否支付，只依據保函本身的條款。
獨立性保函一般都要明確擔保人的責任是不可撤銷的、無條件的和見索即付的。保函一經開出，未經受益人同意，不能修改或解除其所承擔的保函項下的義務；保函項下的賠付只取決于保函本身，而不取決于保函以外的交易事項，銀行收到受益人的索賠要求后應立即予以賠付規定的金額。見索即付保函就是獨立性保函的典型代表。
獨立性保函是二戰后為適應當代國際貿易發展的需要，由銀行和商業實踐的發展而逐步確立起來的，并成為國際擔保的主流和趨勢，原因主要在于：，從屬性保函的發生索賠時，擔保銀行須調查基礎合同履行的真實情況，這是其人員和專業技術能力所不能及的，且會因此被卷入到合同糾紛甚至訴訟中。銀行為自身利益考慮，絕不愿意卷入到復雜的合同糾紛中，使銀行的利益和信譽受到損壞，而趨向于使用獨立性保函。而且銀行在處理保函業務時，正越來越多地引進信用證業務的處理原則，甚至有的將保函稱為擔保信用證。第二，獨立性保函可使受益人的權益更有保障和更易于實現，可以避免保函申請人提出各種原因如不可抗力、合同履行不可能等等來對抗其索賠的請求，避免對違約人起訴所花費大量的金錢、精力及訴訟曠日持久等缺陷，可確保其權益不至因合同糾紛而受到損害。
備用信用證作為信用證的一種形式，并無從屬性與獨立性之分，它具有信用證的“獨立性、自足性、純粹單據交易”的特點，受益人在該信用證為準，開證行只根據信用證條款與條件來決定是否償付，而與基礎合約并無關。
（二）保函和備用信用證適用的法律規范和國際慣例不同。
由于各國對保函的法律規范各不相同的，到目前為止，尚未有一個可為各國銀行界和貿易界廣泛認可的保函國際慣例。獨立性保函雖然在國際經貿實踐中有廣泛的應用，但大多數國家對其性質在法律上并未有明確規定，這在一定程度上阻礙了保函的發展。
